Tóm tắt
Đặt vấn đề: Đề tài này nhằm hai mục tiêu: 1) Khảo sát đặc điểm vùng genome bị biến đổi của các CNV được phát hiện bằng kỹ thuật giải trình tự thế hệ mới; 2) Xác định các phân nhóm CNV được phát hiện bằng kỹ thuật giải trình tự thế hệ mới theo tiêu chuẩn của ACMG/ClinGen.
Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: 33 biến thể số bản sao của 31 trường hợp được phát hiện bằng giải trình tự thế hệ mới đến khám và tư vấn tại Bộ môn Di truyền Y học trong thời gian từ tháng 01 năm 2023 đến tháng 12 năm 2024.
Kết quả: Về đặc điểm genome của các CNV, mất đoạn và nhân đoạn lần lượt chiếm 51,5% và 48,5%. Phần lớn các CNV là các vi mất đoạn/nhân đoạn, kích thước dưới 5 Mb (chiếm 75,8%). Số lượng gene mã hoá protein trung bình là 33,4 ± 49,4. Các CNV phân bố trên hầu hết các nhiễm sắc thể. Về các phân nhóm CNV theo tiêu chuẩn ACMG/ ClinGen, CNV gây bệnh và có khả năng gây bệnh lần lượt chiếm tỷ lệ 36,3% và 12,1%, CNV lành tính và có khả năng lành tính đều chiếm tỷ lệ 6,1%, CNV chưa chắc chắn ý nghĩa lâm sàng chiếm 39,4%. Có sự khác biệt về kích thước trung bình của CNV nhóm gây bệnh/có khả năng gây bệnh so với hai nhóm còn lại là CNV VUS và lành tính/có khả năng lành tính.
Kết luận: Các CNV được chẩn đoán bao gồm cả mất đoạn và nhân đoạn, hầu hết có kích thước nhỏ (dưới 5 Mb). Chúng tôi đã phân loại được các CNV theo ý nghĩa lâm sàng dựa trên bộ tiêu chí của ACMG/ClinGen, từ đó cung cấp thông tin quan trọng trong tư vấn di truyền.
| Đã xuất bản | 30-09-2025 | |
| Toàn văn |
|
|
| Ngôn ngữ |
|
|
| Số tạp chí | Tập 15 Số 5 (2025) | |
| Phân mục | Nghiên cứu | |
| DOI | 10.34071/jmp.2025.5.18 | |
| Từ khóa | Biến thể số bản sao, giải trình tự thế hệ mới, tiêu chuẩn ACMG/ClinGen, CNV gây bệnh, VUS |
công trình này được cấp phép theo Creative Commons Attribution-phi thương mại-NoDerivatives 4.0 License International .
Bản quyền (c) 2025 Tạp chí Y Dược Huế
Zhang H, Xu Z, Chen Q, Chen H, Ding X, Liu L, et al. Comparison of the combined use of CNV-seq and karyotyping or QF-PCR in prenatal diagnosis: a retrospective study. Sci Rep. 2023 Dec 1;13(1).
Lan L, She L, Zhang B, He Y, Zheng Z. Prenatal diagnosis of 913 fetuses samples using copy number variation sequencing. Journal of Gene Medicine. 2021 May 1;23(5).
Riggs ER, Andersen EF, Cherry AM, Kantarci S, Kearney H, Patel A, et al. Technical standards for the interpretation and reporting of constitutional copy-number variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) and the Clinical Genome Resource (ClinGen). 2019;p.245–257.
Nguyễn Thị Hảo, Tăng Xuân Hải, Nguyễn Xuân Chung, Đinh Thị Quỳnh, Ngô Văn Cảnh, Hoàng Minh Trường, et al. Chẩn đoán trước sinh các bất thường nhiễm sắc thể bằng kỹ thuật CNV-seq tại Bệnh viện Sản Nhi Nghệ An. Tạp chí Phụ sản. 2022 Oct 7;20(3):26–31.
Zarrei M, MacDonald JR, Merico D, Scherer SW. A copy number variation map of the human genome. Vol. 16, Nature Reviews Genetics. Nature Publishing Group. 2015;p. 172–83.
Rein B, Yan Z. 16p11.2 Copy Number Variations and Neurodevelopmental Disorders. Vol. 43. Trends in Neurosciences. Elsevier Ltd; 2020;p. 886–901.
Xue J, Shen R, Xie M, Liu Y, Zhang Y, Gong L, et al. 22q11.2 recurrent copy number variation-related syndrome: a retrospective analysis of our own microarray cohort and a systematic clinical overview of ClinGen curation. Transl Pediatr. 2021 Dec 1;10(12):3273–81.
Requena F, Abdallah HH, García A, Nitschké P, Romana S, Malan V, et al. CNVxplorer: A web tool to assist clinical interpretation of CNVs in rare disease patients. Nucleic Acids Res. 2021 Jul 2;49(1):W93–103.
Gabriel H, Korinth D, Ritthaler M, Schulte B, Battke F, von Kaisenberg C, et al. Trio exome sequencing is highly relevant in prenatal diagnostics. Prenat Diagn. 2022 Jun 1;42(7):845–51.
East K, Chung W, Foreman K, Gilmore M, Gornick M, Hindorff L, et al. Guide to Interpreting Genomic Reports: A Genomics Toolkit. Clinical Sequencing Exploratory Research. 2017;p.1–36.
Nussbaum R. L., McInnes R. R., Willard H. F. Thompson & Thompson Genetics in Medicine 8th ed. Vol. 8th. Elsevier. 2016.
Chaves TF, Baretto N, Oliveira LF de, Ocampos M, Barbato IT, Anselmi M, et al. Copy Number Variations in a Cohort of 420 Individuals with Neurodevelopmental Disorders From the South of Brazil. Sci Rep. 2019 Dec 1;9(1).